Církve v Indonésii se často setkávají s nepřátelstvím ze strany některých příslušníků místní komunity a jejích vůdců, což platí zejména v případě, kdy se věřící snaží vybudovat, zakoupit či využívat nějaké prostory ke svým bohoslužebným shromážděním. V současnosti čelí indonéští křesťané takovémuto útlaku nejméně ve třech samostatných komunitách.
Ve vesnici Paccerakkang v provincii Jižní Sulawesi, se křesťanské společenství Lanraki, sestávající z příslušníků etnického obyvatelstva Toradžů, scházelo po dva roky v domě jednoho člena sboru. Vzhledem k růstu tohoto společenství požádali věřící o oficiální povolení k výstavbě budovy, která by pojala jejich rozrůstající se sbor. Zpočátku probíhal povolovací proces bez problémů. Ovšem 4. února byl ve vesnici vyvěšen transparent, který hlásal, že místní obyvatelé jsou důrazně proti této stavbě – a rovněž i proti všem dalším náboženským aktivitám v oblasti. I přes tento odpor jsou představitelé sboru odhodláni pokračovat v jednáních s místními obyvateli, dokud nezískají souhlas se stavbou.
V Bandungu na Západní Jávě se 5. března konal protest proti členům katolické církve, vyjadřující nesouhlas s využíváním církví vlastněného zařízení k bohoslužbám. Když byla budova postavena, neměla ještě farnost úřední schválení, což je proces, který zde může trvat měsíce nebo i roky.
Z tohoto důvodu byla budova vystavěna původně jako víceúčelové zařízení, jež mělo sloužit nejen k bohoslužbám, ale i dalším společenským aktivitám. Místní protestující obyvatelé však náhle požadují, aby budova k bohoslužbám využívána nebyla, třebaže je již vlastnictvím katolické církve a vyřízení žádosti o úřední povolení k bohoslužbám v současné době již probíhá.
Jiný incident se odehrál 10. března v provincii Jihovýchodní Sulawesi, kde se sešli předáci jedné z místních komunit, aby projednali žádost o výstavbu církevní budovy v distriktu Wakatobi. Během schůze demonstrovali obyvatelé nesouhlasící se stavbou a jejich protest během projednávání přerostl téměř v chaos. Nakonec žádost byla zamítnuta, a to z důvodu, že údajně nesplňovala předpisy ministerstva pro náboženské záležitosti. Navíc přišli mluvčí protestujících obyvatel s tvrzením, že místo pro křesťany k pořádání bohoslužeb ve Wakatobi příležitostně poskytovala policie, a stavba kostela je proto zbytečná.
Proces registrace církví v Indonésii může být obtížný. Jeden církevní sbor v milionovém městě Bogor, ležící v oblasti Západní Jávy, musel čekat na získání úřední registrace více než patnáct let.
Jedna z církevních budov v Indonésii.